但随着阿波罗计划的推动，软件在这个使命中的重要性也清楚起来。1965年，玛格丽特开端担任“阿波罗”号计算机的飞翔软件。对玛格丽特而言，这是一段激动人心的日子，整个美国都指望着她的作业效果。可是有时分压力也会让她夜里睡不着。有一次，在参加过一个深夜派对之后，玛格丽特又冲回实验室去修正一段忽然想起来出错了的代码。“我总是在梦想报纸的新闻标题，它们会诘问过错是怎么产生的，而终究原因会指向我”。

  软件成了美国要赢登月比赛的重要筹码。在1968年，已经有超越400人参加研制阿波罗号的软件。当然，终究人们发现软件为国际带来的远超于此。当玛格丽特和搭档在为阿波罗飞船编程的时分，他们也在孵化这个未来估值4000亿美元的工业。

  对玛格丽特来说，编程就像是在一沓穿孔卡片上穿孔，可以整夜整夜分批在一台仿照阿波罗登月作业的霍尼韦尔(Honeywell)大型主机上进行。玛格丽特回忆说，“咱们必定要在飞船起飞之前模仿各种有几率产生的状况”。一旦代码确认后，就会被送往邻近一家雷神公司(Raytheon)的厂房。那里有一群“拿手针线活”的妇女，她们在阿波罗项目中被称为“小小老妇人”，她们将铜线穿过磁环(穿过磁心的代表1，绕过磁心的代表0)。没有RAM，也没有磁盘驱动器；在阿波罗号上，存储器靠的便是硬接线，并且可以说是攻无不克。

  阿波罗飞翔器上载着两个近乎相同的机器：一个用于登月舱——也便是登陆月球的鹰号，另一个是用于载着宇航员往复地球的操作舱。跟其他巨大的计算机不同，这些重达70磅的计算机是便携的。由MIT工程师哈尔·兰宁(Hal Laning)和玛格丽特的老板迪克·贝顿(Dick Batton)规划，这是第一批运用集成电路而非晶体管的重要计算机。正如曼德尔在书中所写，这是第一个由人工操作、但带有计算机控制无人驾驶技能的机载导航体系，可谓是现在喷气客机标配的导航体系的老前辈。

  这个体系能永久保存超越1.2万个字节——也便是雷神公司的女孩们用铜线穿绕的环——暂时存储的空间为1024个字节。“这是第一次将一台重要的计算机搬到飞船上，还赋予了它极大的职责，”其时在MIT仪器实验室担任编写登月舱代码的唐·埃尔斯(Don Eyles)说，“咱们证明了这是能轻松完成的。咱们用今日看起来难以想象、超小的内存和十分缓慢的计算速度做到了这一切。”缺了这一切，尼尔·阿姆斯特朗(Neil Armstrong)不可能登上月球；而假设没有玛格丽特、埃尔斯和MIT工程师们编写的软件，计算机于此也不过是一件无用之物。